Wegelius tunnetaan parhaiten Helsingin musiikkiopiston (myöh. Sibelius-Akatemia) perustajana. Hän toimi opiston johtajana ja opetti teoreettisia aineita, musiikin historiaa ja säveltapailua. Hänen oppilaitaan olivat mm. Jean Sibelius, Armas Järnefelt, Toivo Kuula, Erkki Melartin ja Selim Palmgren. Opiston johtamisen, opettamisen ja säveltämisen ohella hän toimi myös konserttipianistina, musiikkikriitikkona, monien kuorojen sekä Suomalaisen oopperan kapellimestarina.

Wegeliuksen yksinlaulutuotanto ei ole mitenkään valtava saati erityisen tunnettu. Hänen laulunsa ovat melodisesti kauniita ja ne sopivat kaikentasoisille laulajille.